Embriyo transferi işlemleri genel olarak yumurtlama döneminden 3 ila 6 gün sonra yapılmaktadır. Burada kriter ise embriyonun kaçıncı günde dondurulduğudur. Embriyonun kaçıncı günde dondurulmuş olduğu, gerçekleştirilecek transferin yumurtlamadan ne kadar süre sonra yapılması gerektiğini belirleyen unsurdur.
Hastaya transfer gerçekleştirilecek güne kadar herhangi bir ilaç verilmemekle birlikte kan hormonu düzeyleri ( E2, LH ve progesteron) takip edilmektedir. Transfer gerçekleştirildikten sonra takip eden hekim gerekli görürse progesteron destek tedavisi uygulayabilir.
Rahimin gebelik için hazırlanması dondurulmuş embriyo transferi işlemi öncesinde ilk adımdır. İlaç kullanmadan anne adayının adet döneminde büyüyen ve çatlayan yumurtaları takip edilir. Bu süreçte adet görmek şarttır. Yumurta büyümesinin olmadığı durumlarda dışarıdan ilaç vererek rahim hazırlığı da yapılabilmektedir. Ayrıca dışarıdan ilaç ile büyütülen yumurtanın çatlatma iğnesi yolu ile çatlatılarak transferin gerçekleştirildiği işlemlerde yapılmaktadır.
Embriyo transferi yapılırken anestezi uygulanmaz. Ağrısız basit bir işlemdir. Ancak anne adayının vajinismus gibi anksiyetesi bulunduğu durumlarda anestezi uygulanabilmektedir.
Embriyo transferi işlemi yapılırken hasta jinekolojik muayene pozisyonunda uzanır. Spekulum adı verilen cihaz ile vajina ve rahim ağzı steril solüsyon ile temizlenmektedir. Embriyolog transferi yapılacak olan embriyoları özel enjektöre yükler. Hekim, ultrason görüntülemesi yoluyla ince bir katater ile embriyoları rahme ulaştırır. Ultrason görüntüsünün net elde edilebilmesi ve transferin kolay olabilmesi için işlem idrara sıkışıkken yapılmaktadır.